システム管理者権限を持つユーザは、自分がルームのメンバーかどうかにかかわらず、すべてのルームとルーム内のトピックに対して参照権限を持つため、すべてのルームとトピックが見えてしまいます。
こちらは仕様となり、mitocoの設定で直接これを止めることはできませんので、何卒ご了承ください。
代替案：
- システム管理者ユーザに「一般ユーザ」のアカウントを別に用意し、システム管理業務以外では一般ユーザアカウントでmitocoをご利用いただくことで不要なルームを表示させない、という運用が代替案となります。
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